雇主使勞工於平日或休息日加班後，原則上就要按照勞動基準法第24條規定給付加班費，如果勞工有意願選擇補休，並經過雇主同意後，才可以依照同法第32條之1的規定，將加班的工作時數換成補休的時數。也就是說，補休的選擇權在於勞工，雇主不可以片面要求勞工不領加班費只能選擇補休。
另外選擇要請領加班費或補休應該要在加班事實發生後才會產生，如果事業單位在勞工到職時，就簽署類似「本人同意日後加班無條件選擇補休」等一次性向後拋棄未來加班費的請求權是沒有效力的。補休期限可以由勞雇雙方協商，但為了避免補休期限無所限制，導致除了離職以外，永遠沒辦法結清，所以勞動基準法也規定了，勞資雙方約定補休期限，最遲不能晚於特別休假年度之末日。
如果加班事實發生日期，距特別休假年度之末日越近，雙方可以約定使用加班補休的期間就越短，勞工如果未能補休完畢，雇主仍然要在年度終結時，依延長工作時間或休息日工作當日之工資計算標準發給工資。另外一種常見的問題是，勞工希望加班後能補休，但雇主基於管理需要，寧願選擇給付加班費。由於加班後是否補休，以及補休制度與否是要勞資雙方共同協商的，所以如果事業單位一律給付加班費，沒有違反勞動基準法規定。
